Dabartinės Anatomijos muziejaus kolekcijos pagrindą sudaro 1920-1940 m. profesoriaus Jurgio Žilinsko ir jo bendražygių surinkti muziejiniai preparatai. Vėliau Anatomijos instituto dėstytojų ir studentų bendradarbiavimo eigoje buvo pagaminta ir gaminama daug naujų eksponatų.

Žmogaus anatomijos muziejus kaip sudėtinė Anatomijos instituto dalis iki 1940 m. priklausė Vytauto Didžiojo universiteto Medicinos fakultetui. 1945 metais VDU buvo pavadintas Kauno universitetu, o 1946 metais rugsėjo mėn. 1 dieną visiškai išformuotas. VDU bazėje buvo suorganizuoti Politechnikos ir Medicinos institutai. Juose dirbti buvo pakviesti nauji, palankūs okupaciniam režimui pedagogai. 1995 metais Kauno medicinos institutas buvo perorganizuotas į Kauno medicinos akademiją, 1991 metais Kauno medicinos akademija į Kauno medicinos universitetą, o 2010 metais Kauno medicinos universitetas – į Lietuvos sveikatos mokslų universitetą, susijungus Kauno medicinos universitetui su Lietuvos veterinarijos akademija.

Šie rūmai, kuriuose dabar mes esame, buvo pastatyti pirmojo Anatomiukumo vietoje tik 1932 metų pabaigoje (atiduoti oficialiai eksplotacijai 1932 12 31). Rūmai buvo pastatyti pagal architekto V. Dubeneckio projektą. Anatomijos muziejus nuo 1933 metų ir iki šių dienų yra toje pačioje vietoje – vakarinio fligelio trečiame aukšte.

Persikėlus į naujas patalpas, muziejiniai preparatai buvo sudėti į labai gražias baltas erdvias spintas, kurias meistrai pagamino pagal specialų užsakymą. Sudėliojus eksponatus, pasirodė, kad preparatų tokiam dideliam muziejui yra labai mažai, todėl 1933-1940 m. laikotarpį galime vadinti muziejaus renesanso laikotarpiu, nes buvo pagaminta labai daug naujų. Vadovaujant profesoriui, laborantams V. Radvinauskui, J. Radvilavičiui bei preparatorei Idai Kronikaitei studentai iš molio, vaško, medžio, vielos ar papje-mašė masės mielai gamino anatominius modelius. Dažnai tokie modeliai buvo 5-10 kartų didesni už natūralius. Tokiuose modeliuose buvo lengviau suieškoti ir įsiminti sudėtingas anatomines struktūras.

Tačiau kiek mes begamintume modelių, jie niekuomet neatstos tos organų formos, jų išsidėstymo įvairovės, kurią sukūrė gamta. Todėl jau nuo 16 a. anatomai stengėsi tyrinėti mirusio žmogaus kūną. Pradžioje jie tai darė slapta nuo visuomenės ir valdžios institucijų, „vogdami“ lavonus naktimis iš kapinių, ir tik vėliau buvo leista oficialiai tyrinėti mirusio žmogaus kūną. To pasėkoje buvo sukurtas anatomijos mokslas. Dabartiniu metu mirusio žmogaus kūnas yra svarbi mokomoji priemonė studentams, patalogo-anatomams bei teisminės medicinos atstovams, kurie skrodimų metu stengiasi nustatyti žmogaus ligos ir mirties priežastis bei pravesto gydymo efektyvumą. Mirusieji tarnauja gyviesiems.