CDKN Gene Family Variants and Their Association with Cervical Cancer Prognosis
Brintha Smith, Sania |
Konsultantas / Consultant | |
Recenzentas / Reviewer |
Autorė: Sania Brintha Smith Tyrimo pavadinimas: CDKN genų šeimos variantų sąsajos su gimdos kaklelio vėžio prognoze Tyrimo tikslas: Ištirti vieno nukleotida polimorfizmus (SNP) CDKN genų šeimoje ir jų sąsają su gimdos kaklelio vėžio prognoze. Tyrimo uždaviniai: Nustatyti CDKN1A rs1059234, CDKN2A rs3088440, CDKN2B rs3217986 ir CDKN2C rs12855 genotipų ir alelių pasiskirstymą gimdos kaklelio vėžio kohortoje. Ištirti analizuotų SNP ir gimdos kaklelio vėžio klinikopatologinių požymių sąsajas. Įvertinti šių SNP prognostinę reikšmę pacientų išgyvenamumui. Tyrimo dalyviai: 165 pacientės, sergančios gimdos kaklelio vėžiu, gydytos Lietuvos sveikatos mokslų universiteto Kauno klinikų ligoninėje 2014–2020 m. Iš periferinio kraujo išskirta genominė DNR saugoma LSMU Onkologijos instituto biobankuose. Metodika: CDKN1A rs1059234, CDKN2A rs3088440, CDKN2B rs3217986 ir CDKN2C rs12855 genotipai nustatyti taikant TaqMan SNP Genotyping Assay metodą QuantStudio 3 realaus laiko PGR sistemoje. Sąsajos su klinikopatologiniais požymiais ir rezultatais vertintos Pirsono chi-kvadrato, Fišerio tikslus testas ir dvinarės logistinės regresijos metodu. Išgyvenamumas analizuotas Kaplan–Meier metodu su log-rank testu ir Kokso proporcingų pavojų regresija (vienmatė ir daugiamatė modeliai). Statistinio reikšmingumo riba – p<0,05. Analizė atlikta naudojant IBM SPSS Statistics 30.0.0.0. Rezultatai: Nenustatyta reikšmingų sąsajų tarp jokio SNP ir klinika patologinių požymių, išskyrus CDKN2C rs12855: CT genotipas buvo susijęs su mažesne mirties rizika, palyginti su CC (SS 0,120, p=0,045), tai patvirtino daugiamatė logistinė regresija (SS 0,086, p=0,032). rs12855 CT genotipas parodė reikšmingai ilgesnį bendrą išgyvenamumą pagal Kaplano–Mejerio analizę (log-rank p=0,020), mažesnę mirties riziką vienmatėje Kokso regresijoje (PPS 0,134, p=0,048) ir išliko nepriklausomai apsauginis po amžiaus koregavimo (PPS 0,126, p=0,042). Išvada: Visose keturiose polimorfizmų grupėse vyravo pagrindiniai aleliai. CDKN1A rs1059234 nebuvo prognostinis veiksnys. Taikant kombinuotus genotipo modelius, CDKN2A rs3088440 (GA+AA vs GG) ir CDKN2B rs3217986 (TG+GG vs TT) nepasiekė statistinio reikšmingumo nė vienoje išgyvenamumo analizėje. CDKN2C rs12855 CT genotipas buvo vienintelis nepriklausomas prognostinis radinys, pasižymintis nuosekliu apsauginiu ryšiu su bendru išgyvenamumu logistinės regresijos, Kaplano–Mejerio ir Kokso proporcingų pavojų analizėse.
Author: Sania Brintha Smith Research Title: CDKN gene family variants and their association with cervical cancer prognosis Research Aim: To investigate single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the CDKN gene family and their association with cervical cancer prognosis. Research Objectives: To determine the distribution of genotypes and alleles of CDKN1A rs1059234, CDKN2A rs3088440, CDKN2B rs3217986, and CDKN2C rs12855 in a cervical cancer cohort. To investigate associations between analysed SNPs and clinicopathological features of cervical cancer. To evaluate the prognostic significance of these SNPs for patient survival. Study Participants: 165 patients with cervical cancer treated at the Hospital of Lithuanian University of Health Sciences Kaunas Clinics between 2014 and 2020. Peripheral blood-derived genomic DNA was extracted and stored in the biobank of the Institute of Oncology, LSMU. Methodology: CDKN1A rs1059234, CDKN2A rs3088440, CDKN2B rs3217986, and CDKN2C rs12855 were genotyped using the TaqMan SNP Genotyping Assay on a Quant Studio 3 Real-Time PCR System. Associations with clinicopathological features and outcomes were assessed by Pearson chi-square, Fisher exact test, and binary logistic regression. Survival was analysed using Kaplan-Meier with log-rank test and Cox proportional hazards regression (univariate and multivariate models). A p-value <0.05 was considered statistically significant. Analysis was performed using IBM SPSS Statistics 30.0.0.0. Results: No significant associations were identified between any SNP and clinicopathological features, except CDKN2C rs12855, the CT genotype was associated with lower mortality risk versus CC (OR 0.120, p=0.045), confirmed on multivariate logistic regression (OR 0.086, p=0.032). rs12855 CT demonstrated significantly longer OS by Kaplan-Meier (log-rank p=0.020), lower hazard of death in univariate Cox regression (HR 0.134, p=0.048), and remained independently protective after age adjustment (HR 0.126, p=0.042). Conclusion: Major alleles predominated across all four polymorphisms. CDKN1A rs1059234 was not a prognostic factor. Under combined genotype models, CDKN2A rs3088440 (GA+AA vs GG) and CDKN2B rs3217986 (TG+GG vs TT) did not reach statistical significance in any survival analysis. CDKN2C rs12855 CT genotype was the sole independent prognostic finding, demonstrating a consistent protective association with OS.