Gedgaudienė, Greta

Šio magistrinio darbo tikslas buvo atlikti skrandžio vėžinio ir šalia esančio nepažeisto audinio viso transkriptomo sekoskaitos analizę, siekiant identifikuoti molekulinius pokyčius, kurie gali būti susiję su skrandžio vėžio patogeneze ir progresija. Šiam tikslui pasiekti buvo iškelti trys uždaviniai: 1. Atlikti viso transkriptomo sekoskaitą ir nustatyti skrandžio vėžinio ir šalia esančio nepažeisto audinio genų raiškos profilius. 2. Įvertinti pakitusios raiškos genus lyginant vėžinio ir šalia esančio nepažeisto audinio transkriptomo profilius. 3. Identifikuoti potencialius molekulinius žymenis, kurie gali būti susiję su skrandžio vėžio patogeneze ir progresija. Tyrimo metu buvo išgryninta visuminė audinių RNR silikagelio kolonėlių principu, paruoštos grandinei specifinės mRNR bibliotekos ir atlikta viso transkriptomo sekoskaita. Sekoskaitos metu gauti duomenys buvo konvertuoti į FASTQ formato failus ir demultipleksuoti. Tolimesnė bioinformatinė analizė atlikta taikant nf-core/rnaseq analizės eigą – nuskaitymai sulyginti su žmogaus referentiniu genomu GRCh37 (hg19) ir kiekybiškai įvertinta genų ekspresija. Statistinė duomenų analizė ir rezultatų vizualizacija atlikta R Studio programiniu paketu. Tyrimo objektas – skrandžio vėžinio ir šalia esančio nepažeisto audinio genų raiškos profiliai bei jų pokyčiai, taip pat genų raiškos skirtumai pagal klinikinius duomenis. Tyrimo rezultatai parodė, kad skrandžio vėžinis ir šalia esantis nepažeistas audinys pasižymi skirtingais genų raiškos profiliais. Iš viso nustatyti 2572 pakitusios raiškos genai, iš kurių 1146 pasižymėjo padidėjusia, o 1426 – sumažėjusia raiška vėžiniame audinyje. Padidėjusia raiška pasižymėjo su naviko progresija susiję genai (pvz., KRT16, HOXC11, CEMIP, INHBA, CLDN1), o sumažėjusia – su normaliomis skrandžio gleivinės funkcijomis susiję genai (pvz., CHIA, PGA3, PGA5, ATP4A, ATP4B, LIPF). Taip pat nustatyta, kad genų raiškos pokyčiai yra susiję su klinikiniais rodikliais – TNM klasifikacija, diferenciacijos laipsniu ir Lauren klasifikacijos tipais. Skirtingose klinikinėse grupėse išryškėjo specifiniai genų raiškos skirtumai, o reikšmingi genai apėmė epitelio diferenciacijai būdingus KRT šeimos genus, taip pat su naviko mikroaplinka ir progresija susijusius genus (pvz., A2ML1, chemokinų genai (CCL ir CXCL šeimos), CCNA1, MET, XIST, MUC2). Funkcinė analizė parodė, kad šie genai dalyvauja svarbiuose biologiniuose procesuose ir signaliniuose keliuose, susijusiuose su naviko vystymusi. Apibendrinant galima teigti, kad nustatyti genų raiškos pokyčiai ir su jais susiję molekuliniai mechanizmai gali būti svarbūs skrandžio vėžio patogenezėje ir progresijoje bei gali būti vertinami kaip potencialūs molekuliniai žymenys. Atsižvelgiant į didelį šiame tyrime nustatytų pakitusios raiškos genų skaičių, tolimesniuose tyrimuose būtų tikslinga taikyti griežtesnius statistinio ir biologinio reikšmingumo kriterijus, kurie leistų išskirti siauresnį, tačiau biologiškai informatyvesnį genų ir signalinių kelių rinkinį. Be to, siekiant patvirtinti gautų rezultatų patikimumą, būtų reikalinga atlikti jų validaciją nepriklausomoje tiriamųjų grupėje, pavyzdžiui, remiantis viešai prieinamais transkriptomo duomenų rinkiniais.