Išplėstinio spektro β-laktamazes gaminančių E. coli filogenetinė ir atsparumo antimikrobinėms medžiagoms analizė
Kosač, Marina |
Recenzentas / Reviewer |
Šio darbo tikslas įvertinti skirtingoms filogenetinėms grupėms priklausančių ESBL/AmpC E. coli bakterijų padermių atsparumą antimikrobinėms medžiagoms. Tiriamos E. coli bakterijų padermės, esančios Lietuvos sveikatos mokslų universiteto, Veterinarijos akademijos, Maisto saugos ir kokybės katedros kolekcijoje, buvo surinktos iš Lietuvos paukštininkystės ūkiuose auginamų viščiukų išmatų. Iš viso buvo įvertintos 36 E. coli bakterijų padermės, kurioms patvirtinta β-laktamazių gamyba – 32 padermės produkavo ESBL tipo β-laktamazes, o 4 – ESBL ir AmpC tipo β-laktamazes. E. coli bakterijų padermių ESBL/AmpC β-laktamazių gamyba buvo patvirtinama vadovaujantis Europos jautrumo antimikrobinėms medžiagoms tyrimų komiteto (EUCAST, 2017) gairėmis disko difuzijos metodu. E. coli bakterijų padermės buvo priskirtos vienai iš filogenetinių grupių (A, B1, B2, C, D, E ir F) taikant dPGR (quadruplex) metodą vadovaujantis Clermont ir kt. (2013). Tyrimo metu nustatyta, kad išplėstinio spektro β-laktamazes gaminančios E. coli bakterijų padermės priklauso: A filogenetinei grupei – 3 padermės, B1 – 22, B2 – 1, C – 5, D – 4, F – 1. E filogenetinei grupei priklausančių E. coli bakterijų padermių nustatyta nebuvo. Bakterijų padermių jautrumo/atsparumo antimikrobinėms medžiagoms tyrimas atliktas disko difuzijos metodu, naudojant standartinę vertinimo metodiką, patvirtinta Europos jautrumo antimikrobinėms medžiagoms tyrimų komiteto (EUCAST, 2017). Atsparumas kolistinui buvo vertinamas naudojant MIC juosteles. Visos išplėstinio spektro β-laktamazę gaminančios E. coli padermės buvo jautrios fosfomicinui (FOS), nitrofurantoinui (F), kolistinui (CS) ir meropenemui (MRP), o atsparios cefpodoksimui (PX). Nustatyta, kad ESBL β-laktamazių gamybą statistiškai reikšmingai susijusi su E. coli bakterijų padermių atsparumu ceftriaksomui (CRO) p<0,05. Bendras atsparumas ciprofloksacinui tarp ESBL/AmpC E. coli padermių sudarė 91,67 proc., atsparumas ceftriaksomui siekė 83 proc., o amoksicilinui/klavulano rūgščiai - 58,33 proc. Nustatyta, kad E. coli bakterijų padermių priklausymas C filogenetinei grupei sąlygoja padermių jautrumą amoksicilinui/klavulano rūgščiai (AUG) p<0,05.
The aim of this study was to evaluate the antimicrobial resistance of ESBL/AmpC-producing Escherichia coli strains belonging to different phylogenetic groups. The E. coli strains used in the study were obtained from the collection of the Department of Food Safety and Quality at the Veterinary Academy of the Lithuanian University of Health Sciences. These strains were isolated from the feces of broiler chickens raised in poultry farms in Lithuania. A total of 36 E. coli strains were evaluated, all of which were confirmed as β-lactamase producers: 32 strains produced ESBL-type β-lactamases, while 4 strains produced both ESBL and AmpC β-lactamases. The production of ESBL/AmpC β-lactamases in E. coli strains was confirmed using the disk diffusion method in accordance with the guidelines of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST, 2017). The E. coli strains were assigned to one of the phylogenetic groups (A, B1, B2, C, D, E, and F) using the quadruplex PCR (qPCR) method, following the protocol described by Clermont et al. (2013). The results showed that the ESBL-producing E. coli strains belonged to the following phylogenetic groups: A – 3 strains, B1 – 22, B2 – 1, C – 5, D – 4, and F – 1 strain. No strains belonging to phylogenetic group E were identified. Antimicrobial susceptibility/resistance testing was performed using the disk diffusion method according to EUCAST (2017) standards. Colistin resistance was evaluated using MIC test strips. All ESBL-producing E. coli strains were susceptible to fosfomycin (FOS), nitrofurantoin (F), colistin (CS), and meropenem (MRP), but were resistant to cefpodoxime (PX). Overall resistance prevalence among ESBL/AmpC E. coli strains was 91.67% to ciprofloxacin (CIP), 83% to ceftriaxone (CRO), and 58.33% to amoxicillin/clavulanic acid (AUG). A statistically significant association was found between ESBL production and E. coli resistance to ceftriaxone (CRO) (p<0.05). It was determined that membership in phylogenetic group C was significantly associated with susceptibility to amoxicillin/clavulanic acid (AUG) (p<0.05).