NkRNR modifikacijas lemiančių baltymų raiškos analizė skirtingo piktybiškumo laipsnio gliomos pacientų navikiniuose mėginiuose

Santraukos turinys: Pastaraisiais dešimtmečiais vėžinių susirgimų skaičius ir mirštamumo rodikliai sparčiai didėja, o dauguma navikinių susirgimų vis dar nėra diagnozuojami ankstyvose stadijose. Ne išimtis ir gliomų grupei priskiriamos astrocitomos – vieni dažniausių smegenų navikų, aptinkami suaugusių žmonių populiacijoje bei pasižymintys didesniu atsparumu įprastiems gydymo metodams ir prasta prognoze. Tobulėjančios technologijos ir tyrimo metodai leidžia atlikti išsamius molekulinius tyrimus bei analizuoti skirtingo tipo astrocitomas. Taip pat vis daugiau dėmesio sulaukia ir epigenetinės nekoduojančių RNR modifikacijos, atrandamos naujos modifikacijos bei jas vykdantys baltymai ir juos koduojantys genai. Manoma, kad epigenetinis šių genų reguliavimas yra susijęs su gliomų tipo navikų atsiradimu, vystymusi ir piktybėjimu. Šio tyrimo tikslas buvo įvertinti nkRNR modifikacijas veikiančių baltymų raiškos skirtumus skirtingo piktybiškumo laipsnio gliomos navikuose. Atrinkti rečiau tyrinėti epigenetinių modifikacijų moduliatoriai, atlikta šiuos baltymus koduojančių genų taikinių raiškos analizė skirtingo laipsnio astrocitomomis sergančių pacientų navikiniuose mėginiuose bei įvertinti raiškos skirtumai ir sąsajos su pacientų klinikiniais duomenimis. Tyrimo metu naudota RNR medžiaga, išskirta iš 43 astrocitoma sergančių pacientų smegenų navikinio audinio. Naudojant tikro laiko PGR metodą su SYBR® Green dažu ištirta 8 genų taikinių ir 2 referentinių genų raiška. Duomenys analizuoti ir vizualizuoti naudojant IBM SPSS Statistics ir GraphPad programas. Palyginus atrinktų genų taikinių raišką tarp dviejų skirtingo laipsnio astrocitoma sergančių tiriamųjų grupių, buvo rasti statistiškai reikšmingi skirtumai susiję su DKC1, TET1, TET2, TET3, ALKBH3, YTHDF1, YTHDC1 genais. Taip pat nustatyta, kad visų tirtų genų raiška buvo statistiškai reikšmingai susijusi su tiriamųjų išgyvenimo trukme. ALKBH3 ir DKC1 genų statistiškai reikšmingi raiškos pokyčiai nustatyti lyčių grupėje, o DKC1, TET1, TET2, TET3, ALKBH3, TRMT6, YTHDC1 genų – analizuojant raiškos sąsajas su pacientų amžiumi.

Summary: Cancer incidence and mortality rates have been rising rapidly in recent decades, and most cancers are still undiagnosed at an early stage. Astrocytomas are among the most common brain tumors found in the adult population and are characterized by greater resistance to conventional therapies and poor prognosis. Advances in technology and research methods allow detailed molecular studies and analysis of different types of astrocytomas. Additionally, non-coding RNA epigenetic modifications are gaining attention due to the discovery of new modifications, proteins that regulate them, and genes encoding those proteins. The epigenetic regulation of these genes is thought to be involved in the initiation, development, and malignancy of glioma-like tumors. The aim of this study was to evaluate the differences in the expression of proteins involved in ncRNA modifications in glioma tumors of different malignancy grades. The study focused on less frequently studied modulators of epigenetic modifications. Analysis of the expression of target genes encoding these proteins in tumor samples from patients with astrocytomas of different grades was performed. Finally, differences in expression and the correlations with patients’ clinical characteristics were evaluated. The study used RNA isolated from the brain tumor tissue of 43 astrocytoma patients. The expression of 8 target genes and 2 reference genes was investigated using SYBR® Green-based real-time PCR. Data were analyzed and visualized using IBM SPSS Statistics and GraphPad software. Comparison of the expression of the selected gene between the two groups of subjects with different grades of astrocytoma showed statistically significant differences for DKC1, TET1, TET2, TET3, ALKBH3, YTHDF1, YTHDC1 genes. It was also found that the expression of all the genes studied was statistically significantly associated with the survival time of the patients. Statistically significant expression changes were found for ALKBH3 and DKC1 genes in the gender group and for DKC1, TET1, TET2, TET3, ALKBH3, TRMT6, YTHDC1 genes in the analysis of the association of the expression with the patient's age.