Urbanavičiūtė-Orentė, Rūta

Santraukos turinys: Gliomos yra dažniausiai diagnozuojami pirminiai smegenų navikai, pasižymintys dideliu piktybiškumu ir sudėtingais molekuliniais mechanizmais. Vieni svarbiausių pastaraisiais metais tiriamų molekulinių procesų yra epigenetinės modifikacijos, tokios kaip m6A ir 5mC, kurios atlieka esminį vaidmenį genų raiškos reguliavime bei navikų patogenezėje. Šios modifikacijos laikomos potencialiais biožymenimis, galinčiais padėti tobulinti gliomų diagnostiką ir gydymo strategijas. Tyrime analizuoti m6A ir 5mC modifikacijų skirtumai tarp įvairių gliomos ir kamieninių ląstelių linijų bei skirtingo piktybiškumo laipsnio gliomų, jų sąsajos su pacientų klinikinėmis charakteristikomis. Tyrimo tikslas: Įvertinti poly(A) RNR m6A ir 5mC modifikacijų lygius skirtingo piktybiškumo laipsnio gliomose ir ląstelių kultūrose. Tyrimo uždaviniai: 1. Nustatyti poly(A) RNR frakcijos m6A modifikacijų lygius skirtingo piktybiškumo laipsnio gliomos pacientų navikiniuose mėginiuose ir ląstelių linijose bei gautus rezultatus palyginti tarpusavyje. 2. Įvertinti m6A modifikacijų lygio poly(A) RNR frakcijoje sąsajas su gliomomis sergančių pacientų klinikinėmis charakteristikomis. 3. Nustatyti poly(A) RNR frakcijos 5mC modifikacijų lygius skirtingo piktybiškumo laipsnio gliomos pacientų navikiniuose mėginiuose ir ląstelių linijose bei gautus rezultatus palyginti tarpusavyje. 4. Įvertinti 5mC modifikacijų lygio poly(A) RNR frakcijoje sąsajas su gliomomis sergančių pacientų klinikinėmis charakteristikomis. Tyrimo metodai: Tyrimo metu analizuoti gliomos pacientų navikų mėginiai, surinkti Kauno klinikų Neurochirurgijos skyriuje 2012-2020 m. laikotarpiu, taip pat komercinės glioblastomos linijos, gliomos kamieninės ir nervinių kamieninių ląstelių kultūros. m6A ir 5mC epigenetinių modifikacijų koncentracijos buvo nustatytos taikant ELISA metodus. Poly(A) RNR frakcijos išskyrimui naudotas DynaBeads Oligo(dT) metodas. Statistinė analizė buvo atlikta naudojant Kolmogorovo-Smirnovo testą, t-testą ir Mano-Vitnio testą, siekiant palyginti modifikacijų koncentracijų skirtumus tarp skirtingo laipsnio gliomų, ląstelių kultūrų bei pacientų klinikinių charakteristikų. Tyrimo rezultatai:

1. m6A modifikacijų lygis buvo mažiausias II laipsnio gliomos pacientų navikiniuose mėginiuose ir nervinių kamieninių ląstelių linijose, o didžiausias IV laipsnio navikiniuose mėginiuose bei komercinėse GBM ląstelių linijose.
2. Statistiškai reikšmingas adenino bazės metilinimo šeštoje azoto pozicijoje padidėjimas buvo stebimas moterų grupėje.
3. Nustatyta, kad Poly(A) RNR m6A modifikacijų lygis navikiniuose mėginiuose nebuvo statistiškai reikšmingai susijęs su pacientų išgyvenamumu, nepriklausomai nuo gliomų piktybiškumo laipsnio.
4. 5mC koncentracija buvo didesnė navikiniuose mėginiuose lyginant su ląstelių linijomis.
5. Statistiškai reikšmingo ryšio tarp 5mC koncentracijos Poly(A) RNR frakcijoje ir pacientų klinikinių charakteristikų nenustatyta.

Santraukos turinys:

Vėžinių kamieninių ląstelių subpopuliacija yra pagrindinis veiksnys, lemiantis daugiaformės glioblastomos recidyvų skaičių bei vėžio progresiją. „Yamanka“ šeimai priklausantis SOX2 baltymas gerai žinomas dėl savo funkcijų: kamienių ląstelių pluripotentiškumo palaikymo ir baltymo pertekliaus įtakos glioblastomos vystymuisi. Atlikta daug tyrimų, įrodančių, kad SOX2 baltymo nutildymas neigiamai veikia kamieninių ląstelių proliferaciją bei sferoidų formavimą. Sutrikusi nkRNR modifikacijų moduliatorių raiška galimai prisideda prie gliomos progresijos paveikiant signalinius kelius. Tai kėlė klausimą, kokį poveikį epigenomo modifikacijų moduliatoriams kamieninėse vėžinėse ląstelėse gali turėti modifikuotas SOX2 baltymas, be C-galinės dalies. Tad šio tyrimo tikslas buvo įvertinti tetraciklinu indukuoto SOX2ΔC baltymo įtaką nkRNR modifikacijų moduliatorių raiškai U87 ląstelių linijoje. Siekiant patvirtinti hipotezę, kad SOX2ΔC baltymas turi įtakos ląstelių gyvybingumui, tyrimo metu buvo atlikti fluorescencinės mikroskopijos ir MTT testai. TL-PGR testai atlikti siekiant nustatyti nkRNR modifikacijų moduliatorių pokyčius šio baltymo išraiškoje. Apibendrinant, rezultatai parodė, kad SOX2ΔC slopina vėžinių ląstelių gyvybingumą bei įtakoja YTHDF3, DKC1, TET2 raiškos pokyčius.

Santraukos turinys: Pastaraisiais dešimtmečiais vėžinių susirgimų skaičius ir mirštamumo rodikliai sparčiai didėja, o dauguma navikinių susirgimų vis dar nėra diagnozuojami ankstyvose stadijose. Ne išimtis ir gliomų grupei priskiriamos astrocitomos – vieni dažniausių smegenų navikų, aptinkami suaugusių žmonių populiacijoje bei pasižymintys didesniu atsparumu įprastiems gydymo metodams ir prasta prognoze. Tobulėjančios technologijos ir tyrimo metodai leidžia atlikti išsamius molekulinius tyrimus bei analizuoti skirtingo tipo astrocitomas. Taip pat vis daugiau dėmesio sulaukia ir epigenetinės nekoduojančių RNR modifikacijos, atrandamos naujos modifikacijos bei jas vykdantys baltymai ir juos koduojantys genai. Manoma, kad epigenetinis šių genų reguliavimas yra susijęs su gliomų tipo navikų atsiradimu, vystymusi ir piktybėjimu. Šio tyrimo tikslas buvo įvertinti nkRNR modifikacijas veikiančių baltymų raiškos skirtumus skirtingo piktybiškumo laipsnio gliomos navikuose. Atrinkti rečiau tyrinėti epigenetinių modifikacijų moduliatoriai, atlikta šiuos baltymus koduojančių genų taikinių raiškos analizė skirtingo laipsnio astrocitomomis sergančių pacientų navikiniuose mėginiuose bei įvertinti raiškos skirtumai ir sąsajos su pacientų klinikiniais duomenimis. Tyrimo metu naudota RNR medžiaga, išskirta iš 43 astrocitoma sergančių pacientų smegenų navikinio audinio. Naudojant tikro laiko PGR metodą su SYBR® Green dažu ištirta 8 genų taikinių ir 2 referentinių genų raiška. Duomenys analizuoti ir vizualizuoti naudojant IBM SPSS Statistics ir GraphPad programas. Palyginus atrinktų genų taikinių raišką tarp dviejų skirtingo laipsnio astrocitoma sergančių tiriamųjų grupių, buvo rasti statistiškai reikšmingi skirtumai susiję su DKC1, TET1, TET2, TET3, ALKBH3, YTHDF1, YTHDC1 genais. Taip pat nustatyta, kad visų tirtų genų raiška buvo statistiškai reikšmingai susijusi su tiriamųjų išgyvenimo trukme. ALKBH3 ir DKC1 genų statistiškai reikšmingi raiškos pokyčiai nustatyti lyčių grupėje, o DKC1, TET1, TET2, TET3, ALKBH3, TRMT6, YTHDC1 genų – analizuojant raiškos sąsajas su pacientų amžiumi.

Bakalauro baigiamojo darbo autorius: Gintarė Kimtytė.

Tema: Transferino raiškos tyrimai gliomomis sergančių pacientų navikiniuose mėginiuose.

Darbo vadovė: dr. Rūta Urbanavičiūtė.

Atlikimo vieta: Lietuvos sveikatos mokslų universitetas, Medicinos akademija, Medicinos fakultetas, Neuromokslų instituto Molekulinės neuroonkologijos laboratorija. Kaunas, 2022 m. Santraukos turinys:

Geležies turintys baltymai katalizuoja įvairius gyvybiškai svarbius medžiagų apykaitos procesus. Efektyviausias geležies pasisavinimo mechanizmas yra - geležies nešiklio, baltymo transferino (TF) susirišimas su transferino receptoriumi 1 (TfR1). Padidėjusi transferino raiška gali reikšti navikinių ląstelių augimą, dauginimąsi, siekiant optimalaus geležies įsisavinimo, kai tuo tarpu geležies elementas labai svarbus ląstelių proliferacijai. Tyrimo tikslas: Įvertinti transferino raiškos sąsajas su CNS gliomų patogeneze. Tyrimo uždaviniai: 1. Ištirti transferino baltymo raišką gliomomis sergančių pacientų pooperaciniame navikiniame audinyje, panaudojant Western-Blot metodą. 2. Ištirti transferino geno raišką gliomomis sergančių pacientų pooperaciniame navikiniame audinyje, panaudojant qPCR metodą. 3. Nustatyti sąsajas tarp transferino geno raiškos ir baltymo raiškos navikiniame audinyje. 4. Nustatyti sąsajas tarp transferino raiškos ir pacientų klinikinių charakteristikų. Tyrimo metodai: Tyrimo metu buvo atrinkti astrocitoma sergančių pacientų navikiniai mėginiai.Tokių ėminių buvo ištirti 69. Baltymo transferino kiekiai pooperacinio navikinio audinio mėginiuose buvo nustatomi naudojant Western-Blot metodą, o transferino geno raiška buvo įvertinta naudojant TL-PGR metodą. Gauti rezultatai, panaudojant statistinius metodus buvo lyginami tarp tiriamųjų grupių bei su individualiomis tiriamųjų charakteristikomis. Tyrimo išvados: Nustatyta, kad TF baltymo kiekis buvo didesnis pacientų sergančių glioblastoma, lyginant su žemesnio laipsnio astrocitomomis, navikuose. Ilgiau išgyveno tiriamieji, kurių navikiniame audinyje nustatytas mažesnis negu imties mediana baltymo kiekis. O didesnė TF geno raiška nustatyta II, III laipsnio astrocitomomis sergančių tiriamųjų navikuose, lyginant su glioblastoma sergančiais tiriamaisiais. Neženkliai ilgiau išgyveno tiriamieji, kurių navikiniame audinyje nustatyta mažesnė negu imties mediana, TF geno raiška. Deja, bet statistiškai reikšminga koreliacija tarp TF baltymo kiekio bei TF geno raiškos tiriamųjų navikiniuose audiniuose nebuvo nustatyta. Tačiau reikšmingos sąsajos gautos lyginant tyrimo rezultatus su individualiomis tiriamųjų charakteristikomis. Statistiškai patikimos reikšmės tarp TF baltymo kiekio bei TF geno raiškos gautos su pacientų amžiumi, naviko piktybiškumo laipsniu, išgyvenimo trukme ir IDH mutacijos statusu.