Skiecevičienė, Jurgita

Bacterial infections in hospital settings, particularly within the gastro¬intestinal tract (GIT), present a significant challenge to healthcare systems worldwide. Hospital-acquired infections (HAIs), also known as nosocomial infections (NIs), are often linked to invasive procedures, antibiotic use, and compromised immune systems of patients. In the GIT, various bacterial pathogens such as Escherichia coli, Clostridium difficile, and especially Klebsiella species can cause infections ranging from mild gastroenteritis to severe conditions such as colitis and life-threatening sepsis. Notably, Kleb¬siella species, was currently named in the top of World Health Organisation (WHO) superbugs list, because of its widespread resistance to third-gene¬ration antibiotics in the European Region.

Klebsiella pneumoniae and Klebsiella quasipneumoniae are Gram-negative, rod-shaped, facultative anaerobic bacteria commonly found in hospital settings, these bacteria can be opportunistic pathogens, often colo¬nizing the human GIT and nasopharynx. However, these bacteria are also regularly associated with secondary infections, including pneumonia and urinary tract infections. Their presence in hospitals is concerning, especially in patients with compromised immune systems or those undergoing invasive procedures, as they can lead to severe infections with high morbidity and mortality rates. Additionally, their growing resistance to antibiotics further complicates treatment options, making these infections even harder to manage.

Despite antibiotic treatment being one of the main methods in modern medicine to combat bacterial infections, the abundant and inappropriate use of antimicrobial agents leads to the emergence of multi-drug resistant bacteria (MDR). Globally, resistance of Klebsiella bacteria to antimicrobial drugs currently reaches up to 70%, with mortality rates ranging from 40% to 70%. Bacteriocins are antibacterial peptides or small proteins synthesized by bacterial ribosomes, capable of acting against the same or closely related species of bacteria. These antimicrobial agents are currently being globally investigated as a promising option for novel antibiotic-resistant bacterial infections, offering unique advantages over traditional antibiotics. Bacte¬riocins have a narrow spectrum of bacterial inhibition and are less prone to develop resistance compared to antibiotics. Therefore, recombinant bacte¬riocins – KvarIa and KvarM – were chosen as the investigational therapeutic agent for treating drug resistant infections.

To address the growing need for microbiome-sparing antimicrobial strategies, this study investigated the therapeutic potential of bacteriocin-based interventions against Klebsiella species, a group of clinically signi¬ficant pathogens exhibiting increasing multidrug resistance. Gastrointes¬tinal infection models were employed to assess both pathogen virulence and treatment efficacy under conditions that reflect clinically relevant challenges. The main novel scientific contributions of the study, including the develop¬ment of a novel infection model, characterization of pH-dependent drug release, identification of species-specific treatment needs, and evaluation of targeted bacteriocins with minimal impact on the gut microbiota.

Opinis kolitas (OpK) – tai lėtinė uždegiminė storosios žarnos liga, kuriai būdingas pasikartojantis žarnyno gleivinės uždegimas ir pažeista epitelinio barjero funkcija. Šios ligos patogenezę lemia sudėtinga sąveika tarp epitelio disfunkcijos, imuninės sistemos reguliacijos sutrikimų, žarnyno mikrobiotos pokyčių bei genetinių ir aplinkos veiksnių. Nors epitelio ir mikrobiotos vaidmuo OpK yra plačiai tirinėjamas, konkrečių molekulinių ir mikrobiologinių pakitimų bei jų tarpusavio sąveikų funkcinė reikšmė vis dar menkai suprantama. Žarnyno epitelis atlieka esminę funkciją palaikant gleivinės homeostazę – jis veikia kaip selektyvus barjeras ir sąveikos vieta tarp šeimininko bei žarnyno mikrobiotos. Sergant OpK, epitelio pažeidimas didina pralaidumą, skatina mikroorganizmų translokaciją ir nuolatinę imuninės sistemos aktyvaciją, kuri palaiko lėtinį uždegimą. MikroRNR (miRNR) pastaraisiais metais įsitvirtino kaip svarbūs potranskripciniai reguliatoriai, dalyvaujantys epitelinio vientisumo, imuninės signalizacijos ir ląstelių atsinaujinimo procesuose. Vis dėlto dauguma tyrimų iki šiol neturėjo erdvinės raiškos, todėl trūksta duomenų apie funkciškai bei erdviškai skirtingų epitelinių ląstelių miRNR raiškos ypatumus. Tuo pat metu OpK būdinga disbiozė dažnai pasireiškia sumažėjusia mikrobiotos įvairove, tačiau dalis komensalinių bakterijų lieka stabilios visos ligos eigos metu. Šių pastovių mikroorganizmų funkcinė reikšmė, ypač jų įtaka žarnyno barjerui ir uždegimui, išlieka neištirta. Šio darbo tikslas buvo įvertinti storosios žarnos epitelio miRNR ir žarnyno mikrobiotos vaidmenį opinio kolito patogenezėje, taip pat analizuojant ir jų tarpusavio sąveiką bei poveikį žarnyno barjero funkcijai. Disertacija suteikia duomenų apie: (1) erdviškai nutolusių storosios žarnos epitelinių ląstelių populiacijų miRNR raišką – pirmą kartą mažųjų RNR sekoskaita buvo pritaikyta analizuojant miRNR raišką skirtingose storosios žarnos epitelio nišose (kriptų viršutinėje ir dugninėje dalyse), sergant OpK. Ši analizė atskleidė unikalius, populiacijoms specifinius miRNR raiškos profilius ir leido identifikuoti galimus reguliacinius kelius, dalyvaujančius uždegimo metu vykstančiuose epitelio atsakuose; (2) stabilią žarnyno mikrobiotą – išmatų mikrobiotos analizė parodė OpK būdingus pokyčius (bendrą bakterinės įvairovės sumažėjimą ir specifinių, žarnyno funkciją gerinančių, genčių gausumo sumažėjimą) bei identifikavo komensalinių bakterijų gentis, kurios išlaiko stabilų gausumą nepaisant ligos progresavimo; (3) epitelio ir mikrobiotos sąveika – taikant pažangią ex vivo/in vitro storosios žarnos epitelinių organoidų sistemą, sukurtą iš OpK ir nesergančių uždegimine žarnyno liga kontrolinių donorų, ištirta, kaip epitelinės ląstelės reaguoja į specifines komensalines bakterijas. Gauti duomenys rodo, kad stabilūs mikrobiotos nariai gali skirtingai veikti epitelinio barjero struktūrą ir signalizaciją, priklausomai nuo donoro diagnozės; (4) epigenetines įžvalgas – ilgalaikėse OpK pacientų ir nesergančių uždegimine žarnyno liga kontrolinių donorų epitelinių organoidų kultūrose buvo tirta bendro DNR metilinimo lygio dinamika. Rezultatai suteikė naujų žinių apie epigenetinės reguliacijos stabilumą ir galimą jos poveikį organoidų modelio tinkamumui bei ligos modeliavimui. Apibendrinant, šio darbo rezultatai prisideda prie gilesnio OpK patogenezei būdingų epitelinių ir mikrobiologinių mechanizmų supratimo. Integravus erdvinę molekulinę analizę, mikrobiotos profiliavimą ir organoidų pagrindu paremtus funkcinius tyrimus, ši disertacija suteikia vertingų žinių biožymenų paieškai ir terapijų, orientuotų į miRNR ar mikrobiotą, kūrimui, siekiant atkurti epitelio homeostazę ir pasiekti ilgalaikę OpK remisiją.

As awareness of the microbiota’s impact on human health increases, the importance of exploring the influencing factors on the final microbiome profile also grows. Gastric and colorectal cancers, both of which are highly prevalent and often asymptomatic in their early stages, demand a deeper exploration of their risk factors including microbiota. This study provides new insights into: (1) bacterial profiles of stomach and colon tissues in cases of tumorous, tumor-adjacent, pre-cancerous, and healthy mucosa; (2) bacterial DNA signatures profile in blood plasma in cases of gastric cancer, colorectal cancer, and colon adenoma; (3) the relationship between the clinical data of gastric and colon cancer patients and the DNA profiles of their tissues and circulating bacterial DNA profile; (4) influence of blood plasma sampling and preparation on bacterial microbiome analysis; (5) influence of the selected microbiota technique, on the analysis of the bacterial microbiome. Overall, this study contributes to a deeper understanding of the complex bacterial community in both health and disease. Further, the study offers valuable insights into the standardization of microbiome study approaches. Finally, the results of this work may be useful for future scientific research in the fields of biomarkers and microbiome-based therapy development for gastric and colorectal cancers.

Darbo tikslas: Nustatyti mikobiotos pakitimus kepenų cirozės pacientų išmatų mėginiuose Darbo uždaviniai:

1. Įvertinti preanalitinių veiksnių įtaką išmatų mikobiotos profiliui.
2. Nustatyti mikobiotos profilio pokyčius lyginant kepenų ciroze sergančių pacientų išmatų mėginius su kontroline grupe.
3. Nustatyti kepenų ciroze sergančių pacientų išmatų mėginių mikobiotos profilio sąsają su klinikiniais požymiais. Darbo objektas ir metodai. Retrospektyvinis rinkimo metodas, kurio metu buvo analizuojama preanalitinių veiksnių įtaką išmatų mikobiotos profiliui bei kepenų ciroze sergančių asmenų ir kontrolės (sveikų asmenų) grupių išmatos. Buvo atliekamas DNR skyrimas, nukleorūgščių kiekio ir kokybės įvertinimas, grybų ITS2 regiono PGR amplifikacija, sekoskaita, bioinformatinė duomenų analizė. Tyrimo rezultatai. Atliekant mikobiotos tyrimus ir skiriant DNR iš išmatų galima pasirinkti bet kurį iš šių skyrimo rinkinių: Qiamp Fast DNA Stool Mini, Purelink Microbiome DNA Stool Purification Kit, AllPrep Power Fecal DNA/RNA, AllPrep Fungal DNA/RNA/Protein, tarp šių rinkinių nebuvo reikšmingo skirtumo bei fermento lizocimo koncentracija 0,2 mg/ml neturėjo įtakos nustatytų po sekoskaitos grybų tiek gausumui, tiek įvairovei. Atlikus alfa ir beta įvairovės analizę lyginant KC ir kontrolės grupes, buvo nustatytas statistiškai reikšmingų skirtumai tarp tiriamųjų grupių. Pagal alfa įvairovės indeksus mikobiota KC pacientų, kurie yra priklausomi nuo alkoholio, turėjo statistiškai reikšmingai aukštesnius rezultatus nei HCV infekuoti. Sunkesne KC sergantys pacientai (MELD ≥ 15, Child-Pugh klasė C) pasižymėjo padidėjusią alfa įvairove. Analizuojant beta įvairovę KC grupės klinikinių duomenų buvo nustatytas Candida genties dominavimas, kai MELD ≥ 15, Child-Pugh balų sistemoje nustatyta B klasė ir etiologija susijusi su alkoholiu. Išvados:
4. Tirti preanalitiniai veiksniai (DNR skyrimo rinkinys ir inkubavimas su lizocimu) neturėjo įtakos išmatų mikobiotos profiliui.
5. Pacientų, sergančių kepenų ciroze, mikobiotos profilis pasižymėjo žemesniu grybų gausumu palyginus su kontroliniais asmenimis. Kepenų ciroze sergančiųjų grupėje buvo nustatytas 5 gausumo sumažėjimas Eurotiomycetes, Ustilaginomycetes, Aspergillaceae, Saccharomycetaceae, Ustilaginaceae, Moesziomyces, Penicillium, Saccharomyces ir Eurotiales grybų taksonominėse grupėse bei padidėjimas Saccharomycetales fam Incertae sedis, Candida ir Malasseziales grybų taksonominėse grupėse.
6. Kepenų ciroze sergantiems pacientams, kurių MELD balas ≥ 15 ir Child-Pugh klasė C, nustatyta padidėjusi grybų įvairovė ir gausumas. Candida genties grybo kiekio padidėjimas buvo susietas su MELD rodikliu ≥ 15, alkoholine ligos etiologija ir B klase pagal Child-Pugh balų sistemą.

Magistro darbo autorius: Tilindė D. Tema: Hospitalinės infekcijos biomodelio kūrimas ir antimikrobinių preparatų efektyvumo įvertinimas Klebsiella pneumoniae sukeltos žarnyno infekcijos gydyme Mokslinis vadovas: Prof. dr. Jurgita Skiecevičienė Atlikimo vieta: Lietuvos sveikatos mokslų universitetas; Medicinos Akademija; Virškinimo sistemos tyrimų institutas; Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorija Darbo tikslas: Sukurti hospitalinės Klebsiella pneumoniae infekcijos modelį pelėse ir nustatyti antimikrobinių preparatų efektyvumą sukeltai žarnyno infekcijai gydyti. Darbo uždaviniai:

1. Sukurti biologinį pelės žarnyno infekcijos modelį panaudojant skirtingus Klebsiella pneumoniae kamienus.
2. Palyginti rekombinantinio klebicino KvarM ir antibiotikų efektyvumą Klebsiella pneumoniae sukeltų infekcijų gydyme.
3. Įvertinti rekombinantinio klebicino KvarM ir antibiotikų poveikį pelių žarnyno mikrobiotai. Tyrimo objektas – Klebsiella pneumoniae infekcijos modelis ir rekombinantinio klebicino KvarM panaudojimas šios infekcijos gydyme. Pasirinktam objektui studijuoti buvo sukurtas infekcinis pelių modelis naudojant komercinius K. pneumoniae bakterijų kamienus (ATCC 43816TM ir ATCC 12657TM) bei C57BL/6J linijos peles. Eksperimentų metu pelių žarnyno bakterinei kolonizacijai ir antibakterinių medžiagų prieš K. pneumoniae bakterijas įvertinimui buvo renkami išmatų mėginiai iš kurių išskirta visuminė DNR, kuri buvo panaudota kiekybiniam TL-PGR tyrimui bei 16S rRNR geno V1-V2 regionų amplikonų ruošimui bei sekoskaitai. Rezultatų analizė parodė, kad naudojant komercinius K. pneumoniae kamienus (ATCC 43816TM ir ATCC 12657TM) galima sėkmingai sukurti šių bakterijų infekcinį modelį pelėse, o bakteriocinas KvarM gali būti efektyvi priemonė šių kamienų sukeltai žarnyno infekcijai gydyti. Lyginant klebicino KvarM ir antibiotikų poveikį pastebėta, kad klebicinas KvarM geba efektyviau naikinti infekcijos sukėlėją. Dėl siauro veikimo spektro klebicinas KvarM veikia tik prieš K. pneumoniae bakterijas, antimikrobiškai neveikiant natūralios žarnyno mikrobiotos. Tuo tarpu antibiotikai pasižymėjo mažesniu efektyvumu prieš K. pneumoniae bakterijas bei plačiai veikė ne tik infekcijos sukėlėją, bet ir žarnyno mikroflorą. Apibendrinant, klebicinas KvarM yra potencialiai alternatyvi antimikrobinė priemonė antibiotikams atsparių K. pneumoniae bakterijų sukeliamų infekcijų gydymui in vivo modelyje. Šio baigiamojo magistro darbo metu gauti rezultatai yra pirminiai ir turi būti patvirtinti papildomais tyrimais tiek žmonių, tiek gyvūnų grupėse.

Šiuo tyrimu buvo siekiama analizuoti laisvai cirkuliuojančias nukleorūgštis (lcNR) skrandžio vėžiu sergančių pacientų kraujo plazmoje ir įvertinti šių biožymenų funkciją bei tinkamumą minimaliai invazinei diagnostikai ir prognozei. Šiame tyrime pateikiami: (1) skrandžio ikinavikinių (atrofinis gastritas), navikinių (skrandžio vėžys) ir kontrolinių audinių diferenciniai miRNR raiškos profiliai bei labiausiai dereguliuotų miRNR analizė kraujo plazmoje; (2) naujos įžvalgos, atskleidžiančios svarbų hsa-miR-20b-5p ir hsa-miR-451a-5p vaidmenį skrandžio kancerogenezėje, ir galinčios pasitarnauti ateityje kuriant skrandžio navikų gydymo strategiją; (3) įžvalgos apie šlapimo surinkimą skystosios biopsijos tyrimui ir laisvai cirkuliuojančios DNR (lcDNR) analizei; (4) optimizuoti lcNR išskyrimo protokolai ir išsamus ėminio laikymo ir apdorojimo sąlygų (saugojimas, hemolizė̇, išskyrimo metodas), galinčių turėti įtakos lcNR kokybei, aprašymas; (5) dviejų plazmos lcDNR sekos nustatymo metodų palyginimas, siekiant patikimai aptikti žemo dažnio somatinius variantus; (6) skrandžio vėžio audinių ir plazmos mutacijų profilių persidengimo ir galimo pritaikomumo ligos stebėjimui ir išgyvenamumui analizė. Apibendrinant, šis išsamus tyrimas pateikia svarbių rezultatų, susijusių su ėminio apdorojimu ir sekoskaitos metodo parinkimu, atsižvelgiant į skystosios biopsijos pritaikymą skrandžio vėžio diagnozei ir prognozei.

Šio baigiamojo magistro darbo tikslas buvo įvertinti skrandžio vėžiu sergančių pacientų plazmoje laisvai cirkuliuojančios DNR kiekį, sąsają su naviko klinikinėmis charakteristikomis ir koreliaciją su navikiniais žymenimis. Norint pasiekti šį tikslą iškelti keturi uždaviniai:

1. Įvertinti skrandžio vėžiu sergančių pacientų plazmos laisvai cirkuliuojančios DNR kiekį ir palyginti su kontrolinės grupės plazmos laisvai cirkuliuojančios DNR kiekiu.
2. Naudojant naujos kartos sekoskaitos duomenis, įvertinti mutavusio alelio dažnį ir navikinės cirkuliuojančios DNR frakciją.
3. Įvertinti skrandžio vėžiu sergančių pacientų plazmos totalinės ir naviko laisvai cirkuliuojančios DNR kiekio sąsajas su naviko klinikinėmis charakteristikomis ir nustatyti koreliaciją su navikinių žymenų (CEA, Ca19 – 9, Ca72 – 4) kiekiu.
4. Įvertinti laisvai cirkuliuojančios DNR kiekio dinamiką skrandžio vėžio pacientams skirtinguose ligos eigos etapuose: prieš, po operacijos ir kontrolinio apsilankymo metu. Tyrimo objektas buvo dvi skrandžio vėžio (SV) pacientų grupės (n = 58) - asmenys, gydęsi Lietuvos Sveikatos Mokslų Universiteto ligoninės Kauno klinikų, Gastroenterologijos skyriuje 2015 - 2018 metais, ir kontrolinė grupė (n = 10) - sveiki asmenys, kurie nesirgę vėžiu. I grupės pacientų kraujas rinktas prieš operaciją, o II grupės - prieš, po operacijos ir kontrolinio apsilankymo metu. Iš tiriamųjų kraujo plazmos kolonėlių metodu išskirta ir mikrokapiliarinės elektroforezės būdu išmatuota laisvai cirkuliuojanti DNR (lcDNR) ir nustatyti nukleosominiai fragmentai. I grupės pacientų lcDNR mėginiuose naudojantis unikalios 38 genų panelės naujos kartos sekoskaitos duomenimis nustatytas vidutinis mutantinio alelio dažnis ir cirkuliuojančios naviko DNR (cnDNR) frakcija. I grupės pacientų serume ELISA metodu nustatytos ir spektrofotometriškai išmatuotos navikinių žymenų (CEA, Ca19 – 9, Ca72 – 4) koncentracijos. Tyrimų rezultatai parodė, jog lcDNR kiekis buvo 45 kartus didesnis SV pacientų plazmoje lyginant su sveikais asmenimis. Sergantys asmenys taip pat turėjo reikšmingai didesnius visų tirtų nukleosominių fragmentų kiekius, tuo tarpu mono- ir di- nukleosominiai fragmenai buvo trumpesni. Įvertinus naujos kartos sekoskaitos duomenis ir mutavusio alelio dažnį cnDNR frakcija nustatyta 47,8 proc. SV pacientų plazmos mėginių. Ryšys tarp lcDNR kiekio ir naviko klinikinių charakteristikų nustatytas nebuvo, cnDNR reikšmingai dažniau buvo aptinkama T3 – T4 grupėje palyginus su T1 – T2 grupe, daugiau cnDNR teigiamų mėginių nustatyta pacientams su tolimosiomis metastazėmis bei intestinaliniu SV tipu. Nustatyta teigiama koreliacija tarp lcDNR ir CEA kiekio, tuo tarpu cnDNR su tirtaisiais navikiniais žymenimis nekoreliavo. Įvertinus laisvai cirkuliuojančios DNR kiekio dinamiką SV pacientams skirtinguose ligos eigos etapuose, nustatytas reikšmingas lcDNR kiekio padidėjimas iš karto po operacijos ir reikšmingas sumažėjimas kontrolinio apsilankymo metu po operacijos. Tyrimo rezultatai rodo, jog laisvai cirkuliuojanti DNR bei cnDNR galėtų būti potencialūs skrandžio vėžio biožymenys, nes yra tikslesnės nei navikiniai žymenys, gali būti nustatomos jau ankstyvose ligos stadijose. Nepaisant to, tyrimo imtis buvo gana nedidelė, taip pat lcDNR sekoskaitai naudota genų panelė buvo unikali ir naudota pirmą kartą, todėl rezultatų patikslinimui bei metodo validavimui reikėtų tyrimą pakaroti didesnėje nepriklausomoje tyrimo imtyje.

Šio darbo tikslas buvo nustatyti naujai anotuotų mikroRNR raiškos pokyčius in vitro, nuslopinus pagrindinius kanoninės mikroRNR biogenezės elementus. Tikslui pasiekti buvo iškelti trys uždaviniai: 1. Nuslopinus pagrindinius mikroRNR biogenezės elementus (AGO2, DICER1, DROSHA, DGCR8) in vitro, įvertinti šių elementų genų raišką. 2. Nustatyti kanoniniu mikroRNR biogenezės keliu bręstančių mikroRNR (hsa-miR-16-5p ir hsa-miR-324-5p) raiškos pokyčius in vitro, nuslopinus pagrindinius kanoninės mikroRNR biogenezės elementus. 3. Nustatyti naujai anotuotų mikroRNR (miR-candidate-8-3p, miR-candidate-17-3p, miR-candidate-32-3p, miR-candidate-329-5p) raiškos pokyčius in vitro po pagrindinių mikroRNR biogenezės elementų nuslopinimo. Tyrimo objektas buvo naujai anotuotos miRNR ir jų raiškos pokyčiai in vitro po pagrindinių miRNR biogenezės elementų nuslopinimo. Tyrimo objektui studijuoti pasirinktos komercinės kolorektalinės adenokarcinomos ląstelių linijos (Caco-2 ir HT-29). Tyrimų rezultatai parodė, kad po poveikio siRNR Caco-2 ir HT-29 ląstelių linijose DGCR8 geno raiška iRNR lygmenyje reikšmingai nepakito, o DROSHA, DICER1 ir AGO2 – reikšmingai sumažėjo. Poveikis siRNR molekulėmis sąlygojo reikšmingą kanoniniu keliu bręstančios hsa-miR-324-5p raiškos sumažėjimą Caco-2 ir HT-29 ląstelių linijose ir hsa-miR-16-5p raiškos sumažėjimą Caco-2 ląstelių linijoje. Naujai anotuotų miRNR kandidatų analizė parodė, kad nutildžius pagrindinius kanoninės miRNR biogenezės elementus miR-candidate-8-3p, miR-candidate-17-3p, ir miR-candidate-329-5p raiška reikšmingai nepakito. Mažųjų RNR sekoskaitos duomenų analizė leistų patvirtinti nustatytus kanoninių ir naujai anotuotų miRNR raiškos pokyčius bei įvertinti miR-candidate-32-3p ir šiame darbe netyrinėtų kandidatų raišką in vitro eksperimentinėmis sąlygomis.

Šio magistrinio darbo tikslas – nustatyti miR-141-3p ir miR-200b-3p reikšmę virškinamojo trakto stromos navikų patogenezėje. Tikslui pasiekti buvo suformuluoti darbo uždaviniai:

1. Nustatyti miR-141-3p ir miR-200b-3p potencialių genų taikinių raiškos pokyčius po poveikio mikro-RNR imitatoriais;
2. Įvertinti pasirinktų potencialių miR-141-3p ir miR-200b-3p genų taikinių raiškos pokyčius baltymų lygmenyje po poveikio mikro-RNR imitatoriais;
3. Nustatyti GIST-T1 ląstelių gyvybingumo pokyčius po poveikio miR-141-3p ir miR-200b-3p imitatoriais;
4. Ištirti GIST-T1 ląstelių migracijos pokyčius po poveikio miR-141-3p ir miR-200b-3p imitatoriais.

Tyrimo objektas – virškinamojo trakto stromos navikuose pakitusios raiškos mikro-RNR. GIST-T1 ląstelių linija buvo naudojama kaip tinkama sistema pasirinktam objektui studijuoti. Tyrimų rezultatai parodė, kad STAT5A ir STAT5B genų raiška sumažėjo GIST-T1 ląsteles paveikus miR-141-3p imitatoriumi, tačiau STAT5B raiškos pokyčiai baltymų lygmenyje nebuvo nustatyti. Genų raiškos analizė parodė, kad miR-200b-3p galimi genai taikiniai – EGFR ir ETV1. Baltymų raiškos analizės metu buvo nustatyta, kad miR-200b-3p poveikis lėmė reikšmingą EGFR kiekio sumažėjimą. Fiziologiniai GIST-T1 ląstelių tyrimai paveikus miR-141-3p ir miR-200b-3p imitatoriais parodė, kad šios mikro-RNR turėjo skirtingą įtaką ląstelių atsakui. Padidinus miR-200b-3p raišką ląstelėje buvo reikšmingai slopinami fiziologiniai procesai, t.y. ląstelių gyvybingumas, proliferacija ir migracija. Padidinus miR-141-3p raišką ląstelėse buvo nustatytas GIST-T1 ląstelių gyvybingumo ir proliferacijos padidėjimas, o įtakos migracijai nebuvo. Apibendrinant rezultatus galima teigti, kad miR-141-3p ir miR-200b-3p gali turėti svarbų vaidmenį GIST patogenezėje, tačiau reikalingas detalesnis šių mikro-RNR taikinių ištyrimas ir tiesioginių sąsajų įrodymas.

The aim of a study was to examine microRNAs (hsa-miR-20b-5p, hsa-miR-451a-5p and hsa-miR-1468-5p) function in gastric cancer pathogenesis by experimentally determining microRNA target-genes. Therefore, three study objectives were defined: 1.Determine expression level of hsa-miR-20b-5p, hsa-miR-451a-5p and hsa-miR-1468-5p in normal gastric tissue as a control and gastric cancer cell lines (AGS, MKN28). 2.Determine messenger RNA expression of target-genes in gastric cancer cell lines by experimentally inhibinting hsa-miR-20b-5p and increasing hsa-miR-451a-5p and hsa-miR-1468-5p level. 3.Determine protein expression of target-genes in gastric cancer cell lines by experimentally inhibinting hsa-miR-20b-5p and increasing hsa-miR-451a-5p and hsa-miR-1468-5p level. The study object was gastric cancer associated miRNAs and their function in gastric cancer pathogenesis. For this purpose commercial gastric cancer cell lines (AGS, MKN28) were investigated. In conclusion, it was determined that of hsa-miR-20b-5p, hsa-miR-451a-5p and hsa-miR-1468-5p expression differs between normal gastric tissue and commercial gastric cancer cell lines (AGS and MKN28). In addition, expression of hsa-miR-20b-5p, hsa-miR-451a-5p and hsa-miR-1468-5p predicted target-genes and proteins in cells transfected with miRNA inhibitors or mimics and negative control was determined. Hsa-miR-20b-5p inhibition had a significant impact and increased IRF1, TXNIP, PTEN mRNA and TXNIP protein levels. Hsa-miR-451a-5p overexpression had a significant impact and decreased CAV1 gene and CAV1 protein expression level. Hsa-miR-1468-5p overexpression decreased CITED2 gene expression level only in MKN28 cell line, therefore further analysis with CITED2 were not performed. Hsa-miR-20b-5p, hsa-miR-451a-5p and hsa-miR-1468 may play an important role in gastric cancer pathogenesis, for this reason additional investigation of gene-targets or physiological assays in cells (invasion and migration, apoptosis, proliferation and colony formation) would significantly improve understanding about function of these miRNAs in cancerogenesis.