MF Genetikos ir molekulinės medicinos klinika (04.20)

Tyrimo tikslas ir uždaviniai: Tikslas yra įvertinti epilepsija sergančių pacientų metabolinį, biocheminį ir genetinį profilį. Tam pasitelkti uždaviniai: 1. Nustatyti metabolinio profilio ypatumus epilepsijos grupėje; 2. Įvertinti biocheminių tyrimų pokyčius pacientams sergantiems epilepsija; 3. Atlikti nustatytų genetinių variantų analizę epilepsija sergantiems pacientams; 4. Įvertinti metabolinių, biocheminių ir genetinių tyrimų naudą pacientams sergantiems epilepsija. Tyrimo metodai: Atlikta retrospektyvinė analizė. Buvo pasirinkti 104 epilepsijos pacientai, kuriems 2020-2022m. LSMUL KK GMMK atlikti metaboliniai tyrimai HPLC-MS/MS sistema. Šiems pacientams papildomai išanalizuoti genų tyrimai naujos kartos sekoskaitos metodu ir biocheminiai tyrimai, atlikti LSMUL KK LMK biocheminių tyrimų sistema. Metabolinių ir biocheminių tyrimų duomenų lyginimui buvo pasirinkti 108 kontroliniai pacientai. Duomenų analizei naudotos Microsoft Office Excel ir IBM SPSS Statistics programos. Tyrimo objektas: Metabolinių tyrimų (aminorūgštys, organinės rūgštys ir acilkarnitinai), biocheminių tyrimų (laktato, šlapalo, kreatinino, gliukozės, amoniako koncentracijos ir LDH, CK, ALT/GTP, AST/GOT, šarminės fosfatazės ir GGT aktyvumai) ir genetinių variantų pokyčių analizė ir sąsajų su epilepsija paieška. Tyrimo rezultatai ir išvados: Atlikta pacientų klinikinių duomenų analizė. Vidutinis pacientų amžius – 5,90±0,60 metų. Dauguma pacientų buvo vyrai (60,58 proc.). Vidutinis susirgimo epilepsija amžius buvo 2,95±0,51 metai. Dažniausiai buvo nustatomi G40.80 (41,35 proc. pacientų) ir G40.41 (23,08 proc. pacientų) diagnozių kodai. 39,42 proc. pacientų buvo diagnozuota generalizuoto tipo epilepsija, 15,39 proc. – židininio tipo. Bent trečdalis pacientų pasižymėjo gydymui atsparia epilepsija. Atlikus gautų duomenų analizę, padarytos šios išvados: 1. Epilepsija sergantiems asmenims metabolinių tyrimų profilyje nustatytas statistiškai reikšmingas glicino ir jo metabolitų/darinių (α-aminobutirinės rūgšties, 3-metilkrotonilglicino, heksanoilglicino), histamino, 2-metilglutaro rūgšties, gliukaro rūgšties ir 3-OH-tetradekanoil–karnitino padidėjimas; 2. Biocheminių kraujo tyrimų pokyčių epilepsijos grupėje lyginant su kontroline grupe nenustatyta; 3. Sergantiems epilepsija buvo nustatyti įvairaus patogeniškumo SCN2A, SCN3A, SCN1A, CACNA1A, CLCN4, PRRT2, PAK1, WARS2, SMC1A, AP3B2, KCNQ2, TAF1, NEXMIF, CHD2, HCN2, POLG, SLC2A1, KIF5A, KCNA2, ATP1A3, AMT genų variantai, lemiantys sunkesnę epilepsijos eigą; 4. Epilepsija sergantiems asmenims biocheminiai tyrimai yra naudingi bendros būklės stebėsenai, metaboliniai ir genetiniai tyrimai – epilepsijos etiologijos nustatymui ir gydymo taktikos parinkimui.

Vaisiaus centrinės nervų sistemos ultragarsinių pokyčių antrąjį nėštumo trimestrą genetinių priežasčių analizė Autorė: Aušrinė Balčiūtė Tikslas: išanalizuoti vaisiaus centrinės nervų sistemos ultragarsinių pokyčių antrąjį nėštumo trimestrą genetines priežastis. Uždaviniai: 1. Išanalizuoti vaisiaus centrinės nervų sistemos anomalijų, diagnozuotų antrąjį nėštumo trimestrą pasireiškimo dažnumą. 2. Įvertinti antrojo nėštumo trimestro ultragarsinio tyrimo metu nustatytų vaisiaus centrinės nervų sistemos anomalijų chromosomų aberacijų pasireiškimo dažnumą izoliuotoje ir neizoliuotoje vaisiaus centrinės nervų sistemos patologijų grupėje. 3. Įvertinti nustatytų kopijų skaičiaus pokyčių pasiskirstymą pagal patogeniškumą izoliuotoje ir neizoliuotoje vaisiaus centrinės nervų sistemos patologijų grupėje. 4. Aptarti, vaisiaus centrinės nervų sistemos anomalijų ultragarsinių pokyčių antrąjį nėštumo trimestrą genetinių veiksnių įtaką nėštumo klinikinėms išeitims. Tyrimo metodai: atlikta sisteminė literatūros apžvalga, naudojantis kompiuterinėmis bibliografinėmis medicinos duomenų bazėmis PubMed (MEDLINE), Cochrane Library, atrenkat publikacijas, kuriose analizuojamos įvairių tipų vaisiaus centrinės nervų sistemos anomalijos, jų ultragarsiniai pokyčiai, aptikti II nėštumo trimestro metu, jų dažnumas, genetinė etiologija bei šių veiksnių įtaką nėštumui. Paieškai pasirinkti šie raktiniai žodžiai bei jų kombinacijos anglų kalba: second trimester, prenatal ultrasound, fetal central nervous system anomalies, genetics, outcomes ir naudoti paieškos filtrai: Publication dates – 10 years, Languages – English. Vadovaujantis PRISMA gairėse rekomenduojamu PICOS duomenų atrinkimo modeliu, sudaryti įtraukimo ir atmetimo kriterijai ir iškeltas klinikinis klausimas. Tyrimo rezultatai: sisteminei literatūros analizei buvo atrinkti ir išanalizuoti 6 kohortiniai (retrospektyviniai/perspektyviniai) tyrimai. Bendras visų kohortinių (retrospektyvinių/perspektyvinių) tyrimų subjektų skaičius, kuriems buvo diagnozuotos įvairaus tipo centrinės nervų sistemos patologijos yra 1874. Tiriamųjų vidutinis gestacinis amžius yra tarp 22 ir 27 nėštumo savaitės. Bendras skaičius subjektų, kuriems rastos izoliuotos centrinės nervų sistemos patologijos yra 1041 iš 1874 (55,5%), o neizoliuotos 807 iš 1874 (43,1%) Išvados: 1. Dažniausia vaisiaus centrinės nervų sistemos patologija, atliktuose tyrimuose, yra šoninių vaisiaus smegenų skilvelių padidėjimas – ventrikulomegalija. Ši patologija nustatyta 421 iš 1510 (27,9%) visų diagnozuotų įvairių vaisiaus centrinės nervų sistemos malformacijų atvejų. 2. Neizoliuotą centrinės nervų sistemos malformaciją turinčių vaisių grupėje, chromosomų aberacijų dažnumas (14, 5 %) buvo didesnis nei izoliuotą patologiją turinčių vaisių grupėje (5,2%). 3. Neizoliuotą centrinės nervų sistemos malformaciją turintiems vaisiams, kopijų skaičiaus pokyčių dažnumas (8,1%) buvo didesnis nei izoliuotą anomaliją (4,7%) turintiems. Neizoliuotoje vaisiaus centrinės nervų sistemos anomalijų grupėje (7,7%) nustatytas patologinis/galimai patologinis kopijų skaičiaus pokytis buvo dažnesnis nei izoliuotą malformaciją turinčių vaisių grupėje (3,7%). 4. Iš viso sėkmingai stebėta 1090 tiriamieji, iš kurių dažniausiai, 275 atvejų (48,5%) buvo tęsiamas nėštumas, 3 atvejais (0,3%) įvyko spontaninė mirtis, o 441 (40,5%) nėra duomenų apie nėštumo baigtį. Neštumo nutraukimas buvo atliktas, 251 atvejais. (23,0%).

Autorė. Lukrecija Baltmiškytė Darbo pavadinimas: Neinvazinio prenatalinio tyrimo klaidas lemiančių veiksnių analizė Tikslas: Atlikti sisteminę mokslinės literatūros apžvalgą ir išsiaiškinti veiksnius, lemiančius klaidingus NIPT tyrimo rezultatus. Uždaviniai: 1. Išanalizuoti veiksnius lemiančius mažą laisvai cirkuliuojančios DNR kiekį. 2. Išanalizuoti veiksnius lemiančius “klaidingai-teigiamą” NIPT rezultatą. 3. Išanalizuoti veiksnius lemiančius “klaidingai- neigiamą” NIPT rezultatą. Metodika. Mokslinių straipsnių paieška atlikta “Pubmed” elektroninėje duomenų bazėje dviem etapais. Pirmu etapu naudojant raktinius žodžius: (Non-invasive prenatal testing OR cell-free DNA testing) AND (fetal fraction OR low fetal fraction) AND (factors OR maternal weight OR gestational age OR placental factors OR maternal conditions OR medications) atsakytą į pirmąjį uždavinį. Antru etapu naudojant raktiniai žodžius: (non-invasive prenatal testing AND false positive AND false negative AND case report) atsakyta į antrąjį ir trečiąjį uždavinį. Rezultatai. Atlikus pirminę paiešką elektroninėje mokslinių duomenų bazėje “PubMed” pagal pasirinktus raktinius žodžius buvo rasti 407 moksliniai straipsniai. Pasirinkus filtrus, pašalinus dublikatus, perskaičius likusių publikacijų pavadinimus bei santraukas buvo atrinkti 34 moksliniai straipsniai. Išanalizavus pilnus tektus į sisteminę literatūros apžvalgą buvo įtraukta 11 mokslinių straipsnių, kurie atitiko įtraukimo kriterijus. Išvados. Nutukimas, ankstyvas gestacinis amžius, vyresnis nėščiosios amžius, pastojimas ne natūraliu būdu bei leukocitozė yra veiksniai lemiantys mažą laisvai cirkuliuojančios vaisiaus DNR kiekį. “Klaidingai-teigiamą” NIPT rezultatą gali lemti placentos mozaicizmas, išnykusio dvynio sindromas. “Klaidingai-neigiamo” rezultato priežastys yra nepakankama vaisiaus frakcija, placentos mozaicizmas. Praktinės rekomendacijos: Optimaliausias laikas NIPT tyrimui yra tarp 11-13 nėštumo savaitės. Sveikatos priežiūros specialistui svarbu numatyti veiksnius galinčius turėti įtakos testo rezultatui ir esant reikalui vietoje NIPT pasiūlyti invazyvų prenatalinį tyrimą. Sulaukus neinformatyvaus NIPT testo rezultato vertėtų apmąstyti veiksnius galinčius turėti tam įtakos ir planuoti NIPT testo kartojimą. Sulaukus didelės rizikos NIPT rezultato arba nesutapus keliems klinikinių tyrimų rezultatams, visada diagnozę patvirtinti arba paneigti yra būtina atliekant invazinį prenatalinį tyrimą iš vaisiaus vandenų ar choriono gaurelių. Privaloma konsultuoti pacientes prieš atliekant NIPT ir sulaukus atsakymo. Raktiniai žodžiai: Non-invasive prenatal testing, fetal fraction, false positive, false negative.

SANTRAUKA

Darbo autorius: Gintarė Tolušienė Darbo pavadinimas: „Vaisiaus sprando vaiskumos padidėjimo genetinės priežastys bei išeitys”

Darbo tikslas: išanalizuoti genetines vaisiaus sprando vaiskumos padidėjimo priežastis bei išeitis. Uždaviniai:

1. Įvertinti vaisiaus sprando vaiskumos padidėjimo nustatymo dažnumą atliekant pirmojo trimestro ultragarsinę patikrą.
2. Išanalizuoti chromosomines vaisiaus sprando vaiskumos padidėjimo priežastis.
3. Išanalizuoti genines vaisiaus sprando vaiskumos padidėjimo priežastis.
4. Išanalizuoti vaisiaus vystymosi išeitis esant sprando vaiskumos padidėjimui dėl geninių ar chromosominių anomalijų.

Tyrimo metodai: rengiant šią literatūros apžvalgą buvo laikomasi PRISMA reikalavimų. Mokslinių publikacijų paieška vykdyta PubMed, Google Scholar ir Cohrane Library duomenų bazėse nuo 2023 balandžio 10 d. iki 2023 gruodžio 10 d.. Studijų paieškai pasitelkti raktiniai žodžiai ir įvairūs jų deriniai: „increased“, „thick“, „fetal“, „foetal“, „embryonic“, „nuchal translucency“, „nuchal transparency“, „genetic“, „genetical“, „chromosomal“, „genotype“, „gene – associated“, „gene related“, „cause“, „reason“, „ground“, „etiology“, „etiological“, „outcome“, „result“, „consequence“. Taip pat, panaudoti ne senesnių nei 5 metų publikacijų bei nemokamos prieigos filtrai. Rezultatai: atlikus paiešką identifikuotos 488 publikacijos. Atmetus 37 dublikatus bei pritaikius atrankos kriterijus sisteminei literatūros apžvalgai atlikti atrinktos 9 studijos, publikuotos 2019 m. – 2023 m. laikotarpiu. Bendras tiriamųjų skaičius analizuotose publikacijose n=5717.

Išvados: Vaisiaus sprando vaiskumos (toliau – VSV) padidėjimas nustatomas nuo 1% iki 5 % visų nėštumų. Genetinių anomalijų rizika didėja, didėjant VSV dydžiui. Aneuploidijos yra dažniausia VSV padidėjimo priežastis, iš jų – 21 chromosomos trisomija nustatoma dažniausiai. Monogeninės ligos yra retesnė VSV padidėjimo priežastis. Dažniausia su VSV siejama monogeninė liga - Nunano sindromas. Vaisiaus vystymosi išeitys nustačius VSV padidėjimą - įvairios: gimsta sveikas naujagimis, naujagimystėje nustatomos įgimtos raidos anomalijos ar netgi būna vaisiaus ar naujagimio žūtis. Vis dėlto - dažniausia VSV padidėjimo išeitis – sveikas naujagimis.

Rekomendacijos: siekiant išvengti pavėluotos vaisiaus ligų diagnostikos rekomenduojama atlikti ne tik NIPT tyrimą, bet ir ultragarsinę vaisiaus patikrą, o kartu ir VSV vertinimą, taip pat, visuotinai susitarti dėl VSV ribinės vertės, kas ateityje padėtų objektyvizuoti mokslinius tyrimus.

High cancer prevalence and mortality rates indicate the need for more accurate disease biomarkers. Different cancer etiology theories are proposed, and one suggests that cancer is a metabolic disease significantly influenced by mitochondria. Various elements are involved in this theory, including mitochondrial DNA germline and somatic variants, nuclear DNA encoding mitochondrial proteins or mitoepigenetics, which regulates mitochondrial gene expression. These alterations could be a significant factor in the development and progression of different cancer types. The aim of the study was to investigate the effect of TFAM and POLG variants, mitochondrial DNA alterations and miRNA expression on tumor phenotype and prognosis in breast (BC), cervical (CC), head and neck (HNSCC) cancers. Objectives: 1. To determine the effect of TFAM (rs11006132, rs11006129, rs1937, rs16912174, rs1692202, rs3900887) and POLG (rs3087374, rs2072267, rs976072, rs2307441) variants on tumor pathomorphological parameters and disease outcome in BC, CC and HNSCC. 2. To analyze mitochondrial DNA variations and differences between tumor and normal tissue adjacent to the tumor in BC and HNSCC patients and to determine their possible associations with tumor phenotype. 3. To select mitochondria-associated miRNAs from the literature, investigate their expression in the TCGA database and our BC and HNSCC patients, and determine possible associations with pathomorphological tumor parameters and prognosis.

Darbo autorius: Agnius Vazgys. Darbo pavadinimas: Chromosomų kopijų skaičiaus pokyčių (KSP), nustatytų pacientams su raidos sutrikimu ir/ar intelektine negalia, analizė. Tyrimo tikslas: išanalizuoti pacientams su psichomotorinės raidos sutrikimu ir/ar intelektine negalia nustatytų chromosomų KSP patogeniškumą bei sąsajas su fenotipu. Tyrimo uždaviniai: 1. Įvertinti tiriamų pacientų KSP patogeniškumą. 2. Išanalizuoti pacientų, kuriems nustatytas patogeninis chromosomų KSP, fenotipą. 3. Nustatyti analizuojamų pacientų fenotipo ir genotipo sąsajas. 4. Palyginti tiriamų pacientų fenotipą su literatūroje aprašytais atvejais. Tyrimo dalyviai ir metodai: Atliktas retrospektyvus tyrimas. Tyrime dalyvavo 307 2020-2022 metais Lietuvos sveikatos mokslų universiteto ligoninės Kauno Klinikų (LSMUL KK) Genetikos ir molekulinės medicinos klinikos pacientai su nustatytu psichomotorinės raidos sutrikimu ir/ar intelektine negalia, kuriems buvo atliktas molekulinio kariotipavimo (MK) tyrimas. Buvo nagrinėjamos 45 pacientų ligos istorijos, kuriems buvo nustatyti KSP. Tyrimo rezultatai ir išvados: 1. 45/307 (14,7%) tiriamiesiems iš viso buvo rasti 52 KSP. Įvertinus jų patogeniškumą buvo rasti 28 (54%) patogeniniai bei 24 (46%) nežinomos klinikinės reikšmės (angl. variants of uncertain significance – VUS) KSP. 2. Dažniausiai nustatytas pacientų, turinčių KSP, fenotipinis bruožas buvo dismorfiniai veido bruožai. Patogeninių KSP grupėje paplitęs ir aukštas ūgis, dantų malokluzija, hipotelorizmas, autizmas, o tarp nežinomos klinikinės reikšmės KSP grupės – žemas ūgis, prieširdžių pertvaros defektas, ventrikulomegalija. 3. Visų pacientų, kuriems nustatyti patogeniniai KSP, genotipas atitiko psichomotorinės raidos sutrikimų ir/ar intelektinės negalios fenotipą. 4. Lyginant visų tiriamųjų fenotipą su literatūroje, duomenų bazėse aprašomais atvejais, psichomotorinės raidos ir/ar intelektinės negalios sutrikimų, dismorfinių bruožų, gretutinių patologijų neatitikimas nenustatytas.