Laboratorijos

Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorija
Chirurginės gastroenterologijos laboratorija
Bioinformatikos laboratorija

Laboratorijos vadovė – prof. dr. Jurgita Skiecevičienė.

LSMU Virškinimo sistemos tyrimo instituto Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorija glaudžiai bendradarbiauja su LSMU KK Gastroenterologijos klinika ir atlieka mokslinius tyrimus kartu su gydytojais specialistais bei yra jos funkcinis mokslo padalinys.

Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorijos vizija ir misija – fundamentalaus mokslo įgalinimas klinikinėje, virškinimo sistemos ir kepenų ligų praktikoje.

Laboratorijoje dirba ne vien nacionaliniu, bet ir tarptautiniu mastu įvertinti mokslininkai, kurie savo praktiniais bei teoriniais įgūdžiais ugdo jaunuosius mokslininkus ir doktorantus.

Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorijos pagrindinės mokslinių tyrimų kryptys:

uždegiminių žarnyno ligų (opinio kolito ir Krono ligos) epidemiologiniai, genetiniai, genominiai, klinikiniai tyrimai;
su H. pylori infekcija susijusių ligų – gastrito, opaligės, skrandžio vėžio, epidemiologiniai, mikrobiologiniai, genetiniai, klinikiniai tyrimai;
retų virškinamojo trakto ir kepenų ligų (Vilsono ligos, hemochromatozės, Budd-Chiari sindromo ir kitų retų ligų) klinikiniai ir genetiniai tyrimai;
ikinavikinų ir navikinių virškinamojo trakto ligų patogenezės tyrimai;
žmogaus žarnyno mikrobiomo tyrimai, dvynių mikrobiomo tyrimai;
ikiklinikiniai virškinimo sistemos ligų patogenezės tyrimai.

Laboratorijoje dirba genetikai, molekuliniai biologai, bioinformatikai ir gastroenterologai, kurių aukštą kvalifikaciją atspindi daugiau kaip 140 mokslinių straipsnių (iš jų daugiau kaip 60 CA WoS duomenų bazės žurnaluose su svorio koeficientu), tarp jų – „Lancet“ (2016, IF-47,8), „Nature“ (2012, IF-40,1), „Nature Genetics“ (2016-2014, 2011-2009, IF-31,6), „Gastroenterology“ (2013, 2011, 2005, IF-18,3), „Gut“ (2018, 2013, 2006, IF-16,6), „Nature Structural and Molecular Biology“ (2016, IF-13,3), „Nucleic Acid Reserach“ (2017, IF-10,12), „Inflammatory bowel diseases“ (2013, IF- 4,5), ir kituose žurnaluose. Šie straipsniai CA WoS duomenų bazės žurnaluose buvo cituoti daugiau kaip 1600 kartų (laboratorijos mokslininkų bendras mokslinių straipsnių citavimo h-indeksas – 17).

Laboratorija aprūpinta naujausia įranga, skirta molekuliniams ir genetiniams tyrimams atlikti. Laboratorija glaudžiai bendradarbiauja su LSMU Gastroenterologijos klinika ir yra jos funkcinis mokslo padalinys. Laboratorijos mokslinius projektus ir publikacijas galite peržiūrėti čia.

Teikiamos paslaugos:

DNR arba RNR išskyrimas, koncentracijos matavimas;
Genų polimorfizmo tyrimas tikro laiko PGR metodu;
Genų raiškos tyrimai tikro laiko PGR metodu;
Tyrimas ELISA metodu;
Tyrimas imunoblotingo metodu; Bendros baltymų koncentracijos nustatymas;
Ląstelių kultūrų modifikavimas;
Tyrimų priežiūra ir valdymas.

Dėl paslaugų kainų ir kiekių susisiekti individualiai su Klinikinės ir molekulinės laboratorijos vadove prof. Jurgita Skiecevičiene el. paštu jurgita.skieceviciene@lsmu.lt.

Laboratorijos vadovas – prof. dr. Antanas Gulbinas.

LSMU Virškinimo sistemos tyrimų instituto Chirurginės gastroenterologijos laboratorija glaudžiai bendradarbiauja su LSMU Chirurgijos klinika ir yra jos funkcinis mokslo padalinys. Laboratorijos misija – virškinimo sistemos navikinių bei uždegiminių ligų molekulinių bei klinikinių tyrimų vykdymas ir plėtra. Laboratorijoje dirba patyrę mokslininkai, įvaldę reikiamą aparatūrą baltymų ekspresijos, epigenetinių mechanizmų tyrimams ir iRNR lygio genų ekspresijos tyrimams, ląstelių kultūrų eksperimentams.

Chirurginės gastroenterologijos laboratorijos pagrindinės mokslinių tyrimų kryptys:

virškinimo sistemos navikinių ligų patogenezės ypatumų, komplikacijų ir gydymo taktikos įtaka ligos eigai ir išeitims;
ūminio ir lėtinio pankreatitų patogenezės ypatumų, komplikacijų ir gydymo taktikos įtaka ligos eigai ir išeitims (eksperimentiniai ir klinikiniai tyrimai).

VMSF ir LMT finansuoti projektai:

2005–2006 m. vykdytas VMSF finansuojamas prioritetinių mokslo krypčių plėtros projektas „NAVIKAS”.
2007–2009 m. vykdytas VMSF fondo inicijuojamų programų projektas „Biologinio atsako į radiodažninės abliacijos terminį poveikį tyrimas ir kompiuterinis modeliavimas” (Nr. P-02/2007).
2012–2014 m. vykdomas projektas LMT lėtinių neinfekcinių ligų programos finansuojamas ,,Kasos žvaigždinių ląstelių aktyvumo ir redokso būsenos tyrimai“ (LIG 12/2012).
Nuo 2013 m. vykdomas projektas, finansuojamas Žmogiškųjų išteklių plėtros veiksmų programos ,,Kasos adenokarcinomos rezistentiškumo apoptezei ir chemoterapijai energetiniai, genetiniai ir epigenetiniai mechanizmai“ VP1-3.1-ŠMM-07-K-02-062.

Kiti projektai:

Genų, reguliuojančių uždegiminį atsaką ir leukocitų adheziją, ekspresijos tyrimas bei uždegimą moduliuojančių molekulių aktyvumo įvertinimas ūminio pankreatito metu.
Protekcinio geno HO-1 polimorfizmo įtakos ūminio pankreatito eigai ir išeitims tyrimas.
Oksidacinio streso molekulių ekspresijos pakitimų ūminio pankreatito metu bei kalcio signalų ir mitochondrijų funkcijos sutrikimų ūminio pankreatito metu tyrimai.
Epigenetinių pakitimų, sergant kasos, skrandžio ir periampuliniu vėžiu tyrimai (tumoro supresinių genų DNR hipermetilinimo tyrimas; genomo pasikartojančių nukleotidų sekų DNR hipometilinimo tyrimas; DNR metiltransferazės polimorfizmo reikšmės vėžio patogenezėje tyrimas.)
CUGBP2 reikšmės kasos, skrandžio vėžio patogenezėje bei šių pakitimų santykio su Cox-2 grandine tyrimai.
Uždegiminio antisekrecinio faktoriaus AF įtakos mažinant uždegiminį procesą bei sąaugų susidarymą eksperimentinio peritonito sąlygomis tyrimas.

Darbuotojų publikacijos:

Laboratorijos vadovas – l.e.p. prof. habil. dr. Limas Kupčinskas.

Laboratorijos vizija yra susisteminti, supaprastinti, transformuoti didelės apimties molekulinius duomenis, įskaitant žmogaus genomo, transkriptomo ir mikrobiomo sekoskaitą kartu su fenotipiniais, klinikiniais ir elgsenos duomenimis ir pritaikyti sprendžiant įvairias klinikines problemas (ligų biožymenų, individualių prognozuojamų modelių paieška ir kt.).

Bioinformatikos laboratorijos pagrindinės mokslinių tyrimų kryptys:

skirtingų omik’ų ir fenotipinių duomenų integravimas ir biožymenų paieška;
personalizuota medicina – individualių diagnostinių bei prognostinių modelių kūrimas;
naujų analitinių algoritmų, leidžiančių pritaikyti bioinformatiką iškeltų mokslinių tyrimų problemoms spręsti, bei informacinių technologijų infrastruktūrų kūrimas.